В соответствии с Постановлением администрации Города Томска от 01.06.2015 г. №479, Листа записи в ЕГРЮЛ №2157017158043 от 23.06.2015 г. муниципальное казенное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья специальная (коррекционная) общеобразовательная школа №45 VIII вида г.Томска (МКОУ СКОШ №45 г.Томска) ПЕРЕИМЕНОВАНО в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение основную общеобразовательную школу для учащихся с ограниченными возможностями здоровья №45 г.Томска (МАОУ ООШ № 45 г. Томска)
В 1988 году по пер. Нагорному,7 была открыта вспомогательная школа № 45. Она занимала два небольших двухэтажных деревянных здания, в которых не было ни спортивного, ни музыкального залов; столовая находилась в подвале, а столярная мастерская – в полуподвальном помещении. В шести классах обучалось 76 детей. Первым директором была Агафонова Г. Г.
С 1991 по 2016 год школу возглавляла директор Афонина Людмила Михайловна.
С апреля 2016 года директор школы - Локтионова Елена Ильинична.
В 1993 г. школа переведена в здание по Иркутскому тракту, 132 а (в дальнейшем – Иркутский такт, 140/1), где после реконструкции и ремонта были созданы необходимые условия для обучения, развития и коррекции детей с ограниченными возможностями здоровья: 12 просторных светлых учебных кабинета, в том числе для детей со сложным дефектом, музыкальный зал, библиотека, кабинет психолога, дефектолога, 2 логопедических кабинета, 2 мастерские обслуживающего труда, столярная и слесарная мастерские, кабинет детской организации «Вместе», медицинский кабинет и столовая. Для занятий физкультурой и подвижными играми в группе продленного дня – спортивный зал, а на территории – футбольное поле (40х20 м), баскетбольная площадка (24х14 м), волейбольная (18х9 м), беговая дорожка, прыжковая яма.
В 2015 году на территории школы была установлена многофункциональная спортивная площадка. В 2020 году появилась площадка для общеей физической подготовки.
В 2012 году в связи с реогрганизацией МКОУ СКОШ №17 и 45 (Постановление Администрации Города Томска от 08.10.2012 №1177) произошло объединение двух школ. Школе был присвоен №45. С этого момента школа функционирует по двум зданиям: Иркутский тракт, 140/1, ул. Войкова, 64/1.
За время существования школа неоднократно меняла свое название:
1. Вспомогательная с продленным днем школа № 45 для умственно отсталых детей.
Основание: решение Октябрьского районного Совета народных депутатов от 24.06.88 г. № 77 п.3 на основании решения горисполкома № 33 от 23.05.88 г.
2. Вспомогательная с продленным днем школа № 45 для умственно отсталых детей переименована в муниципальную специальную (вспомогательную) общеобразовательную с продленным днем школу № 45 г.Томска.
Основание: Постановление Главы администрации г.Томска № 3414-р от 21.07.93 г.
3. Муниципальная специальная (вспомогательная) общеобразовательная школа № 45 г.Томска переименована в муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся с отклонениями в развитии – специальную (коррекционную) образовательную школу № 45 VIII вида г.Томска
Основание: приказ управления образования № 301 от 08.07.99 г.
4. Муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся с отклонениями в развитии – специальная (коррекционная) образовательная школа № 45 VIII вида г.Томска переименована в муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с отклонениями в развитии, специальную (коррекционную) общеобразовательную школу № 45 VIII вида г.Томска .
Основание: приказ Департамента образования администрации г.Томска от 04.06.2001 г. № 243
5. Муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с отклонениями в развитии, специальная (коррекционная) общеобразовательная школа № 45 VIII вида г.Томска переименована в муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья специальную (коррекционную) общеобразовательную школу № 45 VIII вида г.Томска.
Основание: приказ департамента образования администрации города Томска от 14.02.08. № 153.
6. Муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья специальная (коррекционная) общеобразовательная школа № 45 VIII вида г.Томска переименована в муниципальное казенное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья специальную (коррекционную) общеобразовательную школу № 45 VIII вида г.Томска.
Основание: приказ департамента образования администрации города Томска от 06.12.2012 г. № 1344.
7. Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение основная общеобразовательная школа для учащихся с ограниченными возможностями здоровья №45 г. Томска.
Основание: постановление администрации Города Томска №479 от 01.06.2015 г.