МБОУ ООШ № 45 располагается по адресам: г. Томск, ул. Иркутский тракт 140/1, ул. Войкова 64/1.
В оперативном управлении находятся 5 строений:
1. Два 2-х этажных здания школы площадью 1983 кв.м. (Свидетельство серия 70 АБ № 233753 от 04.08.2008.) и площадью 1740,1 кв.м. (Свидетельство серия 70 АВ 377809 от 31.01.2013);
2. 2-х этажное хозяйственное помещение площадью 108,1 кв.м. (Свидетельство серия 70 АБ № 233820 от 04.08.2008.);
3. Два 1-этажных хозяйственных помещения площадью 24,6 кв.м. (Свидетельство серия 70 АБ № 233821 от 04.08.2008), и 92,8 кв.м.(Свидетельство серия 70 АВ 377808 от 30.01.2013.)
В постоянном (бессрочном) пользовании имеются земельные участки 10353 кв.м. (Свидетельство серия 70 АБ № 270288 от 04.05.2012 г.) и 6184 кв.м. (Свидетельство серия 70 АВ 427182 от 17.05.2013.)
Территория школ ограждены металлическим забором с двумя воротами. На территории имеются зеленые насаждения: 290 берез, 15 кленов, 4 ивы, и 11 кустарников и 3 цветника.